Школа № 99 была основана в 1961 году. За это время в ней обучалось более 38 тысяч учащихся, которые стали инженерами, докторами медицинских и технических наук, предпринимателями, военными, рабочими, музыкантами.

Первый директор – Попов Василий Дмитриевич, был участником ВОв, профессором, в школе преподавал историю. Василий Дмитриевич ввёл предмет – автодело, был инициатором многих школьных начинаний и интересных дел. Не случайно команда туристов Школы № 99 г. Уфы заняла 1-е место по Башкирии и 7-е место по РСФСР в 1964 году. Была и команда «Юных археологов», «Юных туристов». С тех пор проведение турслётов стало традицией в школе и в 2006 г. школа заняла призовое место по туризму. В 1965 году был проведён первый «Огонёк», турнир танцоров, и олимпиада знатоков музыки, с 1965 года работал театр эстрады и миниатюр.

В 1972 году школу принял Штабель Владимир Артурович. Он руководил школой с 1972 по 1989 год. Преподавал историю. Будучи на пенсии, ещё 9 лет работал учителем истории. Талантливый, увлечённый педагог Владимир Артурович был ещё и большим психологом. Школа принимала активное участие в городских и районных спортивных мероприятиях. Большой популярностью пользовалась хоккейная команда. Традиционными стали фестивали Дружбы народов. Как и вся страна, школа строила светлое будущее. Дружина носила имя Николая Кузнецова. Успешно в школе изучалась начальная военная подготовка.

С 1989 г. коллектив школы избрал директором учителя истории – Сидельникову Татьяну Анатольевну. Она работала в школе с 1978 года по 2012г. Была инициатором многих интересных встреч, мероприятий, конференций. Под ее руководством в 2008 г. школа стала победителем национального проекта "Образование".